Fakultas Sains dan Informatika (FSI) merupakan salah satu Fakultas tertua di Unjani yang terbentuk tahun 1988 dengan nama Sekolah Tinggi Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (STMIPA), sejak tahun 1990 institusi yang berada dibawah naungan Yayasan Kartika Eka Paksi (YKEP) dilebur menjadi Universitas Jenderal Achmad Yani dengan SK Nomor: Skep/-027/YKEP/1990 dan SK Mendikbud Nomor: 0513/1990. Maka sejak tahun 1990 STMIPA berubah menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA), seiring dengan perkembangan sains dan teknologi maka sejak 10 November 2017 nama Fakultas ini berubah menjadi Fakultas Sains dan Informatika (FSI) dengan SK Rektor Unjani Nomor: Skep/2116/UNJANI/XI/2017.Saat ini Fakultas Sains dan Informatika Unjani mempunyai 2 Program Studi yaitu Program Studi Kimia memiliki Akreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Peguruan Tinggi (BAN-PT) berdasarkan Kepusan BAN PT Nomor: 506/BAN-PT/Akred/S/VI/2015 dan Program Studi Informatika memiliki Akreditasi B dari Badan Akreditasi Nasional Peguruan Tinggi (BAN-PT) berdasarkan Kepusan BAN PT Nomor: 1201/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2015.

Saat ini FSI memiliki 38 Staf akademik tetap yang terdiri dari Guru Besar (5 %), Doktor (24 %), dan Magister (71 %). Visi FSI tentunya menyesuaikan dengan Visi Unjani yaitu Menjadi universitas unggul, berjiwa kebangsaan dan berwawasan lingkungan. Kerjasama dengan berbagai institusi, universitas, dan industri baik dalam maupun luar negeri telah dilakukan untuk mencapai visi FSI. FSI dilengkapi berbagai fasilitas seperti ruang kelas, ruang pertemuan umum, laboratorium, perpustakaan, sarana ibadah, sarana olahraga, dan kantin yang seluruhnya dilengkapi dengan akses internet secara gratis. Berbagai prestasi mahasiswa telah diraih baik di tingkat Nasional seperti LKTI, ONMIPA, dan PKM hingga Internasional seperti Winter School Program dan Student Exchange.